华山医院现有浦东、虹桥、北院等多个院区，共有核定床位2092张，拥有临床医技科室40个。医院共有教育部国家重点学科10个，卫生部国家临床重点专科20个，上海市重中之重临床医学中心4个，上海市重中之重临床重点学科1个，上海市高峰学科1个，上海市临床质控中心8个，设有1个WHO研究与培训合作中心，3个卫生部及上海市重点实验室，各类研究所、研究中心20个。在专科声誉排行榜中，医院有6个学科位于全国前三名，10个学科位于前十名。